Zum Ende des 19. Jahrhunderts, als die Wirtschaft boomte und die Bevölkerung in den Städten wuchs, entstand der erste Impuls zur Neugründung eines Pfarrrektorats im Aachener Osten. Das Gebiet der neuen Pfarre war ein Arbeiterviertel. Deshalb lag es nahe, das neu zu bauende Gotteshaus nach dem heiligen Josef, einem Zimmermann, zu benennen.

Der aus Xanten stammende Franz Langenberg bekam den Auftrag, die Baupläne auszuarbeiten. Im Februar 1893 wurde mit dem Bau begonnen und schon im Oktober 1894 konnte die Kirche benediziert werden. Die hohe und weite Hallenkirche war damals der größte Raum Aachens. 1898 erfolgte die Erhebung zur Pfarrkirche. Bis zum Ende der 1920er Jahre wuchs die Pfarrgemeinde St. Josef, trotz Armut und Schulden, auf 20.000 Seelen an.

Der Zweite Weltkrieg brachte der Pfarrkirche St. Josef die schwersten Schäden und Zerstörungen aller Aachener Kirchen. Nach Ende des Krieges begann der Wiederaufbau mit einer Reduzierung der Ausstattung und dem Verzicht auf den hohen Turmhelm.

Wegen der stark rückläufigen Zahl der Pfarrangehörigen schlossen sich St. Josef und Fronleichnam zu einer Pfarrgemeinde zusammen.

Seit 2006 ist das neugotische Gotteshaus nicht mehr Pfarrkirche, sondern wurde zur Grabeskirche umgestaltet.